Kaplaakilla toimii erilaisia jaostoja, jotka ovat mukana järjestämässä tapahtumia, sekä auttavat hallituslaisia hommisaan. Kaplaakilla on tällä hetkellä kuusi erilaista jaostoa, yrityssuhdejaosto, mediajaosto, KV-jaosto, historiikkijaosto, fuksijaosto ja vuosijuhlatoimikunta. Näistä yrityssuhde-, media- ja kv-jaostot ovat perinteisempiä jaostoja, jotka hallituksen jäsen kokoaa hallituskauden alussa, ja niiden tehtävä on auttaa hallituslaista tehtävissään sen vuoden ajan. Nämä perinteisemmät jaostot ovat matalan kynnyksen tapa tutustua ja tulla mukaan Kaplaakin toimintaa ilma aikaisempaa kokemusta järjestötoiminnasta. 

Fuksijaosto  ja vuosijuhlatoimikunta ovat lyhytaikaisempia jaostoja, jotka on koottu tietyn tapahtuman järjestämistä varten. Fuksijaosto on heti syksyn alussa uusista fukseista koottu ryhmä, jotka järjestävät myöhemmin syksyllä pidettävät eeppiset fuksijaoston bileet. Lisää tietoa fuksijaostosta täältä. Vuosijuhlatoimikunta kootaan vuoden alussa ja sen tehtävä on auttaa projektivastaavaa järjestämään ikimuistoiset vuosijuhlat. Vuosijuhlatoimikunta on toiminnassa vujuille saakka. Jaostoosa on projiksesta riippuen 10-20 henkilöä, jotka jaetaan yrityssuhde ja graafiseen tiimiin, kokkaritiimiin ja sillistiimi. 

Kaplaakilla on tällä hetkellä toiminnassa historiikkijaosto, jonka tehtävä on kerätä erilaista tietoa Kaplaakista vuosien varrelta tulevia 50-vuotis vuosijuhlia varten. Historiikkijaostoa johtaa hallituksen pj ja sama jaosto on toiminnassa 50-vuotis vujuille asti. Historiikkijaoston tavoin voidaan erilaisia tilaisuuksia varten koota oma jaosto tarvittaessa.