Kaplaakilla toimii erilaisia jaostoja, jotka ovat mukana järjestämässä tapahtumia, sekä auttavat hallituslaisia hommisaan. Kaplaakilla on tällä hetkellä neljä erilaista jaostoa: case-jaosto, graafinen jaosto, KV-jaosto ja tapahtumajaosto. Lisäksi syksyisin toimii fuksijaosto ja keväisin vuosijuhlatoimikunta. Näistä case-, graafinen, tapahtuma- ja kv-jaostot ovat jaostoja, jotka hallituksen jäsen kokoaa hallituskauden alussa, ja niiden tehtävä on auttaa hallituslaista tehtävissään sen vuoden ajan. Nämä jaostot ovat matalan kynnyksen tapa tutustua ja tulla mukaan Kaplaakin toimintaa ilman aikaisempaa kokemusta järjestötoiminnasta. 

Fuksijaosto  ja vuosijuhlatoimikunta ovat lyhytaikaisempia jaostoja, jotka on koottu tietyn tapahtuman järjestämistä varten. Fuksijaosto on heti syksyn alussa uusista fukseista koottu ryhmä, jotka järjestävät myöhemmin syksyllä pidettävät eeppiset fuksijaoston bileet. Lisää tietoa fuksijaostosta täältä. Vuosijuhlatoimikunta kootaan vuoden alussa ja sen tehtävä on auttaa projektivastaavaa järjestämään ikimuistoiset vuosijuhlat. Vuosijuhlatoimikunta on toiminnassa vujuille saakka, ja siinä on projektivastaavasta riippuen 10-20 henkilöä, jotka jaetaan yrityssuhde ja graafiseen tiimiin, kokkaritiimiin sekä sillistiimiin. 

Kaplaakilla on tällä hetkellä toiminnassa myös historiikkijaosto, jonka tehtävä on kerätä erilaista tietoa Kaplaakista vuosien varrelta tulevia 50-vuotisvuosijuhlia varten. Historiikkijaostoa johtaa hallituksen vpj ja sama jaosto on toiminnassa 50-vuotisvujuille asti. Historiikkijaoston tavoin voidaan erilaisia tilaisuuksia varten koota oma jaosto tai toimikunta tarvittaessa.